马来亚由马来半岛的西马及位于北婆罗州的东马所组成。在英国统治的时期，西马都被称为马来亚。
马来西亚是东南亚这个地区其中一个最早有人类居住的地方。大约50,000年前，东马砂劳越州的古老尼亚（NahCave〕洞里，已经开始有人类居住了。
在西马，即马来半岛，内陆山区的原住民比马来人更早就在这里居住了。
位于柬埔寨的Funan王朝，于公元初期曾经延伸其影响力到马来半岛。到了第七世纪，苏门答腊的室里弗逊（SriVijaya〕王朝则在南中国海的区域崛起成为最大的王朝。第十三世纪后半期，满者伯夷（Majapahit〕王朝取代室里弗逊，马来半岛也跟着落入满者伯夷王朝的掌控中。室里弗逊王朝的王子拜里米苏拉，于大约1403年逃出满者伯夷王朝的势力范围后，落脚在马来半岛的马六甲，并在这里建立了历史上闻名的马六甲王朝。也是在这个时候，大约于十五世纪初，回教被引进马六甲王朝。
马六甲王朝在全盛时期，是个闻名于世的港口及经贸中心。由于其位置处于航海及经贸的中心，又有良好的深水港口，东去资源丰饶的东方文明古国，西接印度、阿拉伯世界及欧洲西方列强，使到马六甲不仅成为繁荣一时的商业中心，它也同时成为东西方多种文化互相碰面及交流的地方。中国明朝的郑和就曾在七度下南洋的时候，到过马六甲。为了促进两国之邦交，明朝的公主汉丽宝更是被远嫁到马六甲来。
西方列强于十六世纪相继而来，葡萄牙人于1511年消灭了马六甲王朝，开始了马来半岛的殖民史。葡萄牙统治马六甲到1641年，被荷兰人所击败，马六甲又由荷兰人所统治。英国人于十八世纪开始展延它对马来半岛的控制。1786年，莱特首登槟城，1819年莱佛斯占领新加坡，1819年英国人和荷兰人的交换殖民地，使到英国人也获得了马六甲，并于较后成立了马六甲海峡殖民地。
英国人和马来苏丹于1895年签署的邦咯岛协约，使到英国人的势力进一步从马六甲海峡殖民地延伸到内陆的马来州属。通过律政司（ResidentSystem〕的制度，英国人逐渐全面的控制了整个马来半岛及新加坡。
在英国人殖民的时期，英国人为了大量开发锡矿及树胶园，从中国及印度大量的引进劳工，使到马来西亚的多元种族的社会特征开始形成。 1942年第二次世界大战，日本军入侵马来亚，把英殖民政府击溃并统治了马来亚三年零八个月。日本投降后，英军回归马来亚继续其殖民。1948年，英殖民政府宣布全国进入紧急状况以对付马来亚共产党。
1940年代末期及1950年代所掀起的争取独立运动，终于使到英殖民政府让马来亚于1955年进行了第一次的全国选举，由代表马来人的巫统、代表华人的马华公会及代表印度人的印度国大党所组成的联盟（现在称为国阵〕，横扫了52议席中的51席。
1957年8月31日，联盟主席东姑阿都拉曼宣布马来亚独立。马来文成为国语，回教成为国教。东姑阿都拉曼出任第一届的首相，并被称为国父。
在北婆罗洲方面，沙巴从1882年就被英北婆罗公司统治，直到日本军队在第二次世界大战攻入占领为止。砂劳越则是英人查尔斯布洛克和汶莱苏丹协议下所建立起来的白人拉惹布洛克的天下。从1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大战过后，沙巴及砂劳越正式成为英国殖民地。
1963年，马来亚联同新加坡、沙巴及砂劳越组成了马来西亚联邦。但1965年，由于东姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出马来西亚。
1969年的全国大选成绩，显示人民对联盟的支持急剧下降，反对党所获得的席位剧增。虽然联盟仍然控制联邦政府，但失去了吉兰丹州政权，并在多个州议会里面对强大的反对党势力。1969年5月13日，反对党的胜利游行在不同种族的相互嘲讽及挑衅的过程中，演变成种族冲突及流血事件，造成百多人丧失生命，无数财产被摧毁。此历史事件被成为513事件。
1970年，马来西亚宣布实施为期廿年的新经济政策，其目的是要消除贫穷，重组社会，以拉近贫富的鸿沟。但这项政策所实行的固打制，也使到非马来人社会非常不满。
1972年，第二任首相敦拉萨改变了外交政策，开始和共产国家接触，并致力使东南亚成为和平、自由及中立的区域。1974年，敦拉萨访问中国，两国的邦交自此一直密切发展至今。
1970年代，马来西亚开始其工业化计划。新经济政策廿年的成果，已经使到马来人的经济地位大大提升。1991年，第四任首相马哈迪医生宣布推行为期三十年的2020宏愿计划，致力使马来西亚在2020年成为先进国。
直到目前为止，马来西亚仍然以每年超过8％的成长率发展，成为其中一个世界上成长得最快的国家。目前马来西亚共有十三个州，两个联邦直辖区。其首都为吉隆坡，是其中一个联邦直辖区。
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